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Das europäische Schutzgebietssystem NATURA 2000 hat das Ziel, die biologische Vielfalt in Europa zu erhalten. Schutzgebiete der EU-Vogelschutzrichtlinie sowie der Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie (FFH-Richtlinie) sollen zusammen ein europaweites Netz aus ökologisch hochwertigen Flächen bilden.
Die Planstatt Senner beschäftigt sich regelmäßig mit der Erarbeitung von Managementplänen (Pflege- und Entwicklungspläne) für FFH-Gebiete. Im Rahmen von NATURA 2000 werden zahlreiche Verträglichkeitsprüfungen sowie -vorprüfungen im Bereich ausgewiesener Schutzgebiete erstellt.
| Donau-Heuberg | 2014
| Mengen-Rulfingen | 2013/ 2014
| Seitingen-Oberflacht | 2012/ 2013